当院の救急診療は、平成15年4月1日に伊那中央病院の新築移転に伴って新規開設された「地域救急医療センター」で行っておりましたが、平成24年4月1日より救命救急センターに指定されました。当センターは専従医師が24時間態勢で救急患者さんの治療にあたっています。一次救急（徒歩受診）については、地域救急医療センターにおいて専従医師・兼任医師（上伊那地域の開業医・信州大学病院パート医師）・当院当直医師で対応しています。
　当院の標榜診療科は29科（内科、腎臓内科、腫瘍内科、脳神経内科、循環器内科、小児科、精神腫瘍科、外科・消化器外科、整形外科、形成外科、美容外科、脳神経外科、皮膚科、泌尿器科、産婦人科、眼科、耳鼻咽喉科、リハビリテーション科、放射線診断科、放射線治療科、麻酔科、呼吸器内科、消化器内科、呼吸器外科、乳腺・内分泌外科、心臓血管外科、特殊歯科口腔外科、救急科、病理診断科）で、各科の専門的治療が必要な場合には、全科オンコール態勢となっており、直ちに招集可能です。
　信州大学医学部救急医学教室とも密接な協力態勢にあり、毎週の症例検討会への参加やテレビ電話、画像転送による救急患者の検討も行っています。
　集中治療室（平成15年5月1日開設）の運営にも関わっており、三次救急患者については、救急部入院として診療担当科医師とともに治療にあたっています。
　救急救命処置（BLS、ACLS）、外傷初療（JPTEC、JATEC）の普及にも携わっており、各種講習会を開催しています。